HOÀN THUẾ GTGT CHO DOANH NGHIỆP ĐƯỢC THỰC HIỆN NHƯ THẾ NÀO?

HOÀN THUẾ GTGT CHO DOANH NGHIỆP ĐƯỢC THỰC HIỆN NHƯ THẾ NÀO?

Cảm ơn Quý khách đã tin tưởng và sử dụng dịch vụ của BcPacific, chúng tôi đưa ra ý kiến tư vấn cho vấn đề trên như sau:

I. Cơ sở pháp lý:

Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

II. Nội dung tư vấn:

Việc hoàn thuế Giá trị gia tăng cho doanh nghiệp được thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Doanh nghiệp thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp. 

*Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính) (sau đây gọi là Thông tư số 156/2013/TT-BTC).

- Các tài liệu khác theo quy định tại các Điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC. (đối với hoàn thuế cho dự án DOA, đối với đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao,.....) (nếu có).

Lưu ý: Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

- Doanh nghiệp đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì khai Điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời Điểm có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.

Bước 2: Phân loại hồ sơ:

* Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:

- Hoàn thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trừ trường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời Điểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.

- Người nộp thuế sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời Điểm bị cơ quan quản lý nhà nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

- Người nộp thuế thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế là các trường hợp người nộp thuế được đánh giá xếp hạng rủi ro cao, rủi ro rất cao, người nộp thuế có thời gian hoạt động dưới 12 tháng hướng dẫn tại Thông tư số 204/2015/TT-BTC.

- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng.

* Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau là các hồ sơ còn lại.

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Bước 3: Xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn thuế:

*Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng để kiểm tra đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:

+Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc đối tượng và trường hợp hoàn thuế, trong thời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) gửi cho người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

+Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện đối chiếu số tiền thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định.

+ Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập và gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC) theo quy định tại Khoản 2 Điều 60 Thông tư 156/2013/TT-BTC gửi người nộp thuế trong thời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi các giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn nêu trên, cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

- Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng hoặc quá thời hạn yêu cầu của cơ quan thuế nhưng không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau chuyển sang thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; đồng thời gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế biết trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

*Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau

Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế.

Bước 4: Cơ quan thuế căn cứ kết quả xác định số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn, số tiền thuế giá trị gia tăng không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ, số tiền thuế giá trị gia tăng còn được hoàn trả cho người nộp thuế, thực hiện lập đề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

Bước 5: Căn cứ kết quả thẩm định và giám sát hồ sơ hoàn thuế, Cục trưởng Cục Thuế xem xét ký ban hành Quyết định hoàn thuế (theo mẫu số 01/QĐ-HT)/ Quyết định hoàn kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước (theo mẫu số 02/QĐ-HT), Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo mẫu số 02/HT-TB) quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC.

Thời hạn ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 (bốn mươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.

Bước 6: Căn cứ Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước, Cục Thuế thực hiện lập Lệnh hoàn trả Khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc ngày 10/1/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Quyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính về việc đính chính Thông tư số 08/2013/TT-BTC), gửi Kho bạc nhà nước cấp tỉnh kèm theo Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ Khoản thu ngân sách nhà nước.