1. Phạm vi hoạt động
Chi nhánh: Được thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của doanh nghiệp, bao gồm cả chức năng kinh doanh và chức năng đại diện theo quyền
Văn phòng đại diện: Thực hiện nhiệm vụ đại diện theo ủy quyền cho lợi ích của doanh nghiệp và bảo vệ lợi ích đó; không có chức năng kinh doanh
2. Ký kết hợp đồng và Xuất hóa đơn:
Chi nhánh: Được phép ký hợp đồng kinh tế, dồng thời được phép sử dụng và xuất hóa đơn
Văn phòng đại diện: Không được đứng tên trên hợp đồng kinh tế; cũng như không được đăng ký, sử dụng hóa đơn
3. Hạch toán thuế:
Chi nhánh: được lựa chọn hình thức Hạch toán độc lập hoặc Phụ thuộc.
Văn phòng đại diện: Kê khai độc lập với công ty tại cơ quan thuế nơi đặt trụ sở Văn phòng đại diện quản lý.
4. Nghĩa vụ thuế:
Chi nhánh: Nộp thuế môn bài tại Cơ quan thuế nơi có trụ sở chi nhánh; Trường hợp chi nhánh hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố khác với địa bản mà doanh nghiệp đóng trụ sở chính thì kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi có trụ sở chính. Mặt khác, chi nhánh cũng phải thực hiện nghĩa vụ thuế đối với các khaonr thuế giá trị gia tăng, thu nhập doanh nghiệp theo quy định.
Văn phòng đại diện: Không thực hiện chức năng kinh doanh nên không phải nộp thuế môn bài; Văn phòng đại diện phải nộp hồ sơ khai thuế đối với những sắc thuế Văn phòng đại diện phát sinh phải nộp hoặc phải nộp thay; các sắc thuế không phát sinh thì văn phòng không phải nộp hồ sơ khai thuế.